@SugayaTetsuro
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Tetsuro Kawano-Sugaya, Ph.D.

Researcher in Tokyo, Japan 🇯🇵 (google scholar)
🕺Microbiome, Single-cell genomics, Parasite genomics (Entamoeba)
📌
2025-02-15 New preprint
Kawano-Sugaya T, Izumiyama S, Nozaki T. Draft genome of the marine Entamoeba species reveals reduction in the gene family repertoire associated with pathogenicity and lateral gene transfer for adaptation to the marine environment. bioRxiv. 2025 (doi:10.1101/2025.02.12.637563) [link]
Nanopore MinIONを用いて海の赤痢アメーバ Entamoeba marinaのゲノムアセンブリを構築し、赤痢アメーバの病原性に重要な遺伝子が減少していることや、水平伝播で獲得された遺伝子が環境適応に関与している可能性について議論しました。
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2024-10-03 New publication
Kawano-Sugaya T†, Arikawa K†, Saeki T, Endoh T, Kamata K, Matsuhashi A, Hosokawa M. A single amplified genome catalog reveals the dynamics of mobilome and resistome in the human microbiome. Microbiome. 2024;12:188 (doi:10.1186/s40168-024-01903-z) [link]
マイクロバイオーム解析の主な手法であるメタゲノム解析は、サンプル中のゲノムをバルクで扱うため、種内多様性の評価や、着目遺伝子を保有している種の特定が難しいことがあり、特に(公衆衛生上 重要な)mobile genetic elementsや薬剤耐性遺伝子を苦手としています。そこで、本研究では口腔内および腸内細菌から計30,851個のシングルセルゲノムを構築・解析することで、得られる微生物の系統情報をメタゲノムと比較するとともに、口腔内・腸内細菌叢に共通して得られた種のゲノム類似度比較、プラスミド・ファージを介した薬剤耐性遺伝子の伝播状況の可視化を行いました。
その結果、シングルセルゲノムはメタゲノムと系統バイアスが異なることや、菌叢間で共通する種のゲノム類似度をsub-speciesレベルで評価できること、mobile genetic elementsを介した薬剤耐性遺伝子の分布を調査できること等がわかりました。以上により、大規模シングルセルゲノム解析を用いることで、メタゲノムでは難しい研究対象にもアプローチできることが示されました。
本研究はco-firstである有川さんとcorresponding authorの細川さん、共著者の皆様に支えられて形となりました。心より感謝申し上げます。なお、得られた大規模な配列情報はFigShareに公開されております (bbsag20 dataset)。

🙋 Career

August 2021–present: Bioinformatician, bitBiome, Inc., Tokyo, Japan
March 2021–July 2021: Researcher, Department of Ophthalmology, Keio University School of Medicine, Tokyo, Japan
April 2020–January 2021: Researcher, Pathogen Genomics Center, National Institute of Infectious Diseases, Tokyo, Japan
March 2020: Doctor of Philosophy in Health Science, The University of Tokyo, Japan

📞 Contact

Linkedin: https://www.linkedin.com/in/tetsuro-kawano-sugaya/
ORCID: https://orcid.org/0000-0001-5401-4414
researchmap: https://researchmap.jp/tksjp
X (twitter): https://twitter.com/SugayaTetsuro/
e-mail: sugaya🏧tetsu.ro

📄 Publications

† equal contribution, * corresponding author
  1. Saito-Nakano Y, Izumiyama S, Hirai M, Kawano-Sugaya T, Jeelani G, Sardar SK, Ganguly S, Nozaki T. Entamoeba histolytica “mutator” strain with a high rate of genetic mutations assists the elucidation of drug resistance mechanisms. Microbiol Spectr. 2025; e0121025 (doi:10.1128/spectrum.01210-25) [link]
  1. (preprint) Kawano-Sugaya T, Izumiyama S, Nozaki T. Draft genome of the marine Entamoeba species reveals reduction in the gene family repertoire associated with pathogenicity and lateral gene transfer for adaptation to the marine environment. bioRxiv. 2025 (doi:10.1101/2025.02.12.637563) [link]
  1. Kawano-Sugaya T†, Arikawa K†, Saeki T, Endoh T, Kamata K, Matsuhashi A, Hosokawa M. A single amplified genome catalog reveals the dynamics of mobilome and resistome in the human microbiome. Microbiome. 2024;12:188 (doi:10.1186/s40168-024-01903-z) [link]
  1. (preprint) Kawano-Sugaya T†, Arikawa K†, Saeki T, Endoh T, Kamata K, Matsuhashi A, Hosokawa M. Single Amplified Genome Catalog Reveals the Dynamics of Mobilome and Resistome in the Human Microbiome. bioRxiv. 2023 (doi:10.1101/2023.12.06.570492) [link]
  1. Peng R, Yoshinari S, Kawano-Sugaya T, Jeelani G, Nozaki T. Identification and Functional Characterization of Divergent 3’-Phosphate tRNA Ligase From Entamoeba histolytica. Front Cell Infect Microbiol. 2021;11:746261 (doi:10.3389/fcimb.2021.746261) [link]
  1. (preprint) Sasaki N†, Gusain P†, Hayano M†, Sugaya T, Tonegawa N, Hatanaka Y, Tamura R, Okuyama K, Osada H, Ban N, Mitsukura U, Lang RA, Mimura M, Tsubota K. Violet light modulates the central nervous system to regulate memory and mood. bioRxiv. 2021 (doi:10.1101/2021.11.02.466604) [link]
  1. Kawano-Sugaya T*, Yatsu K, Sekizuka T, Itokawa K, Hashino M, Tanaka R, Kuroda M. Haplotype Explorer: an infection cluster visualization tool for spatiotemporal dissection of the COVID-19 pandemic. G3. 2021;11(8), jkab126 (doi:10.1093/g3journal/jkab126) [link]
  1. (preprint) Kawano-Sugaya T*, Yatsu K, Sekizuka T, Itokawa K, Hashino M, Tanaka R, Kuroda M. Haplotype Explorer: an infection cluster visualization tool for spatiotemporal dissection of the COVID-19 pandemic. bioRxiv. 2020 (doi:10.1101/2020.07.19.179101) [link]
  1. Kawano-Sugaya T†, Izumiyama S†, Yanagawa Y, Saito-Nakano Y, Watanabe K, Kobayashi S, Nakada-Tsukui K, Nozaki T. Near-chromosome level genome assembly reveals ploidy diversity and plasticity in the intestinal protozoan parasite Entamoeba histolytica. BMC Genomics. 2020;21(1):813 (doi:10.1186/s12864-020-07167-9) [link]
  1. Sekizuka T, Itokawa K, Hashino M, Kawano-Sugaya T, Tanaka R, Yatsu K, Ohnishi A, Goto K, Tsukagoshi H, Ehara H, Sadamasu K, Taira M, Shibata S, Nomoto R, Hiroi S, Toho M, Shimada T, Matsui T, Sunagawa T, Kamiya H, Yahata Y, Yamagishi T, Suzuki M, Wakita T, Kuroda M. A Genome Epidemiological Study of SARS-CoV-2 Introduction into Japan. mSphere. 2020;5(6):e00786-20 (doi:10.1128/mSphere.00786-20) [link]
  1. Sekizuka T, Itokawa K, Yatsu K, Tanaka R, Hashino M, Kawano-Sugaya T, Ohnishi M, Wakita T, Kuroda M. COVID-19 Genomic Surveillance Network in Japanese Airport Quarantine. J Travel Med. 2020;28 (doi:10.1093/jtm/taaa217) [link]
  1. Kawano T, Imada M, Chamavit P, Kobayashi S, Hashimoto T, Nozaki T. Genetic diversity of Entamoeba: Novel ribosomal lineages from cockroaches. PLoS ONE. 2017;12(9):e0185233. (doi:10.1371/journal.pone.0185233) [link]